A korai újkor
A mohácsi csata után Horvátország nyugati része is I. Ferdinánd uralma alá került, hiszen ő volt Magyarország törvényes királya. Ez a változás nem kedvezett az országnak, hiszen a magyar királyokkal és uralommal szemben, a Habsburgok uralma kevesebb mozgásteret hagyott számukra. A pozsonyi országgyűlés is szünetelt ekkoriban. Majdnem az egész terület Habsburg uralom alatt volt, csak egy egészen kis rész, a mai Bosznia Hercegovina nem, ez továbbra is megmaradt török fennhatóság alatt.
A Habsburg uralom alatt Horvátország nem alkotott egységes országot. Több politikai egységre szakadt. Szlavóniát teljesen külön kezelték, mivel ez korábban Magyarország részét képezte és jórészt magyarok lakták. Ezen kívül Dalmácia is teljesen külön területnek számított. Isztria is külön terület volt ekkor, az úgynevezett Osztrák Tengermellékhez tartozott. Továbbá volt egy katonai határvidék, mely szintén külön területe volt az országnak önálló közigazgatással.
1868-ban, a kiegyezéskor létrejött a Horvát-Szlavónország, mely a magyar korona keretein belül egy egységes politikai területet képezett. Később, az Osztrák-Magyar Monarchia összeomlásakor, az első világháború után létrejött a Szerb-Horvát-Szlovén Királyság, mely államalakulat később Jugoszlávia néven vált ismertté. A második világháború idején Horvátország ismét független lett, és sajnálatos módon a fasizmus mellett tette le a voksot. A nácizmus bukása után létrejött Jugoszlávia, melynek első elnöke Tito volt.